Sampoerna didirikan pada tahun 1913 di Surabaya oleh Liem Seeng Tee dan istrinya Siem Tjiang Nio, imigran Tionghoa dari Fujian, Tiongkok dengan nama Handel Maastchpaij Liem Seeng Tee yang kemudian berubah menjadi NV Handel Maastchapij Sampoerna.
Perusahaan ini meraih kesuksessan dengan merek Dji Sam Soe pada tahun 1930-an hingga kedatangan Jepang pada tahun 1942 yang memporak-porandakan bisnis tersebut. Setelah masa tersebut, putra Liem, Aga Sampoerna mengambil alih kepemimpinan dan membangkitkan kembali perusahaan tersebut dengan manajemen yang lebih modern. Nama perusahaan juga berubah seperti namanya yang sekarang ini. Selain itu, melihat kepopuleran rokok cengkeh di Indonesia, dia memutuskan untuk hanya memproduksi rokok kretek saja.
Generasi berikutnya, Putera Sampoerna adalah generasi yang membawa PT. Sampoerna melangkah lebih jauh dengan terobosan-terobosan yang dilakukannya, seperti perkenalan rokok bernikotin rendah, A Mild dan perluasan bisnis melalui kepemilikan di perusahaan supermarket Alfa, dan untuk suatu saat, dalam bidang perbankan.
Pada tahun 2000, putra Putera, Michael, masuk ke jajaran direksi dan menjabat sebagai CEO.
Pada Maret 2005, perusahaan ini kemudian diakuisisi oleh Philip Morris.
